Si utilizas propel para generar el sql desde el schema, y necesitas que incluya el tipo innodb en la declaración de creación de la tabla, debes incluir la siguiente línea en /config/propel.ini :

mebelipropel.mysql.tableType = InnoDB

Luego, ejecutando “symfony propel-build-sql” generará el archivo .sql en data/sql con el correspondiente tipo.